Фамилия Санатов, на первый взгляд, кажется прозрачной, но её корень уводит в неожиданную сторону. В основе лежит не санаторий и не санитар, как можно было бы подумать, а тюркское имя Санат. В переводе с казахского, башкирского и татарского санат означает «опора», «поддержка», «надёжность» или «уважение». Имя было распространено среди мусульманских народов Российской империи, и от него через стандартную русскую модель образовалась фамилия: Санат + патронимический суффикс -ов.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где русская административная машина фиксировала людей «по отцу»: сын Саната становился Санатовым. Это типичная модель для фамилий тюркского происхождения, вошедших в русский обиход в XVI–XIX веках. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был татарином, башкиром или казахом, которого в документах записали как «Санатов сын» или просто «Санатов».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Уралу и Западной Сибири — регионам, где исторически плотно пересекались русское и тюркское население. Особенно часто Санатовы встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются и варианты с другим ударением: если фамилия происходит от арабского слова «сана» (блеск, сияние), то ударение может падать на второй слог, но это редкий случай.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Санатый от глагола «санать» в диалектном значении «шататься, болтаться без дела». Однако эта гипотеза слабая: глагол малоупотребителен, а фамилия с таким корнем почти не фиксируется в северных и центральных говорах, где он бытовал. Основной и надёжный путь — через личное имя Санат, что делает фамилию «говорящей» о характере или социальной роли предка: человека, на которого можно положиться.