Фамилия Сандубра звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а румынское или молдавское. В основе лежит слово «sîndruga» или «sîndră» — так в некоторых регионах Румынии и Молдовы называли перелётную птицу, возможно, трясогузку или иволгу. Прозвище Сандубра мог получить человек, чем-то напоминавший эту птицу: подвижный, пёстрый в одежде или обладавший звонким голосом.

Версия о славянском корне «санд-» (от греческого «Александр») маловероятна — фамилия Сандубра не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов/-ев, -ин. Суффикс -а на конце указывает на молдавский тип фамилий, где окончание часто сохраняет форму прозвища без дополнительных приращений. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Сандубров или Сандубрин.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины (Буковина) и Молдове. В XIX веке носители фамилии Сандубра могли быть крестьянами или мелкими ремесленниками из этих мест. Встречаются также варианты написания — Сандрубра или Сандубрэ, что подтверждает неустойчивость при передаче молдавских звуков русской графикой.

Есть и другая, более редкая версия: происхождение от личного имени Сандул (уменьшительное от Александр в молдавском языке) с последующим добавлением -бра, что могло означать «брат Сандула». Но это предположение слабее, так как не объясняет второго корня. Наиболее логично всё же связывать фамилию с птицей — прозвища по птицам были распространены у всех народов, и Сандубра не исключение.