Фамилия Санитаева звучит так, будто её носитель имел прямое отношение к медицине, но на самом деле связь тут скорее фонетическая, чем историческая. Корень здесь не латинский «sanitas» (здоровье), а русское имя или прозвище. Основа фамилии — Санитай, Санита. Это может быть производная форма от крестильного имени Савватий (в народном произношении — Савватей, Савватий, а далее — Санита) или от имени Савва. В обоих случаях суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей сын?» — Санитаев, то есть потомок Саниты.

Вторая версия, хоть и менее вероятная, но не лишённая оснований — связь с глаголом «санить» или «саниться», что в некоторых говорах означало «болеть», «хиреть», «чахнуть». Прозвище Санита могли дать болезненному, слабому ребёнку — не в обиду, а как бытовую примету. В крестьянской среде такие «отрицательные» прозвища нередко становились фамилиями. Однако первая версия — от имени — надёжнее, так как модель образования Санита → Санитаев типологически совпадает с десятками других фамилий на -ев от уменьшительных форм имён (Иван — Ивата — Иватаев, Савва — Савата — Саватаев).

Фамилия редкая, нераспространённая. Встречается преимущественно в центральных регионах России и в Поволжье, что характерно для фамилий, образованных от имён в их народной, нецерковной форме. В дворянских родословных книгах она не числится, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение рода. Женская форма — Санитаева — сохраняет ту же основу, без изменений по суффиксу, как и полагается для фамилий на -ев/-ов.