Фамилия Сантье звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её носители в России — явление редкое, и корни здесь почти наверняка не славянские, а французские или, шире, западно-европейские. В русском языке фамилия не изменяется по падежам, что типично для заимствованных фамилий на -е, -о, -у.

Скорее всего, в основе лежит французское слово или имя. Самая прямая версия — от французского «santier», что означает «тропа», «дорожка». В таком случае фамилия могла быть прозвищем человека, жившего у дороги, или же указывать на профессию, связанную с дорогами — например, дорожного мастера или смотрителя. Менее вероятно, но возможно возведение к личному имени Saintier, которое, в свою очередь, восходит к латинскому Sanctus («святой»). Тогда фамилия могла означать «принадлежащий святому» или быть производной от названия церкви в честь какого-либо святого.

В России фамилия Сантье практически не встречается в исторических документах и переписях. Она могла появиться в результате иммиграции: французские мастера, гувернёры, архитекторы приезжали в Российскую империю в XVIII-XIX веках, особенно после Великой французской революции. Их потомки могли сохранить фамилию в исходном написании. Также не исключён вариант, что Сантье — это русифицированная форма более сложной западноевропейской фамилии, которую при записи упростили.

Если сравнивать с однокоренными вариантами, то во Франции распространены фамилии Сантье (Santier), Сантьер (Santière), а также Сен-Жермен, Сен-Пьер и другие, образованные от «святой». В России же аналогов по звучанию нет, что подчёркивает её иноязычное происхождение. Таким образом, для носителя фамилии Сантье наиболее вероятная история — связь с французскими предками, которые либо жили у дороги, либо были связаны с церковью, либо просто принесли фамилию в Россию из Франции.