Фамилия Сантов — одна из тех, где простота звучания обманчива, а корень может вести сразу в нескольких направлениях. В её основе лежит основа «Сант-», которая в русском языке не является ни древним славянским именем, ни названием профессии. Это сразу подсказывает, что перед нами, скорее всего, фамилия, возникшая из прозвища или адаптированная из другого языка.

Самый вероятный путь образования — от краткой формы имени или прозвища Сант. Такое имя могло быть усечением от Святой (в диалектном произношении «святой» звучало как «святой» или «святый», но в некоторых говорах «св» упрощалось до «с»). В этом случае Сант — это человек, получивший прозвище за набожность, или, наоборот, с ироничным подтекстом. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Санта» или «из семьи Сантовых». Модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ.

Вторая версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «сан» означает «число», «счёт», «уважение», а «сант» могло быть вариантом с аффиксом принадлежности. В этом случае фамилия могла принадлежать потомкам человека, который вёл счёт (например, сборщика податей) или пользовался особым почётом. Географически такая фамилия чаще встречается в Поволжье и на Урале, где исторически было сильное татаро-башкирское влияние. Спор между славянской и тюркской версиями решается просто: если в роду есть предания о татарских корнях или фамилия распространена в регионах с тюркским населением, версия с «саном» правдоподобнее. Если же предки жили в центральной России — скорее, это русское прозвище.

Интересная деталь: фамилия Сантов не имеет «двойников» с суффиксом -ин (Сантин), что указывает на то, что основа не оканчивалась на -а или -я. Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище Сант было мужским и твёрдым, а не женским или уменьшительным.

Встречается также редкая версия о происхождении от итальянского «santo» (святой), но для массового бытования в России она маловероятна — такие фамилии обычно оставались в среде переселенцев-католиков и не давали типичного русского суффикса -ов. Таким образом, носитель фамилии Сантов, скорее всего, потомок либо набожного (или насмешливо прозванного) человека, либо служилого татарина, чьё прозвище было связано со счётом или почётом.