Фамилия Сантос — случай особый: она почти наверняка не русская по происхождению, а португальская или испанская. В России она встречается редко и, как правило, у потомков смешанных браков или у людей, чьи предки были выходцами из стран Латинской Америки или Португалии. Поэтому искать её корни в славянских прозвищах или именах — заведомо ложный путь.

В основе фамилии лежит латинское слово sanctus (святой). В португальском и испанском языках оно превратилось в santo (святой), а форма Santos — это множественное число, буквально «святые». Такую фамилию давали человеку, родившемуся в день всех святых (Día de Todos los Santos), либо подкидышу, найденному у церкви, посвящённой всем святым. В русской традиции аналогом может служить фамилия Всехсвятский, но она гораздо менее распространена.

Суффикса -ов/-ев или -ин в этой фамилии нет, что сразу выдаёт её иноязычное происхождение. В португальской ономастике окончание -s — показатель множественного числа, а не патронимический формант. Поэтому фамилия не склоняется по падежам в русском языке (например, «книга Марии Сантос», а не «Сантосой»). По той же модели образованы испанские фамилии Лопес, Гарсия, Диас, но Сантос стоит особняком, так как отсылает не к имени отца, а к религиозному понятию.

В России носители фамилии Сантос — это либо потомки португальских моряков и купцов, заезжавших в Архангельск и Петербург в XVIII–XIX веках, либо, что чаще, люди из семей, связанных с Бразилией или Анголой. Известный пример — футболист Дуглас Сантос, игравший за «Зенит», но его фамилия — чисто бразильская, без русского следа. Если вы встретили Сантоса в российских архивах до XX века, скорее всего, это описка или редкий случай адаптации иностранной фамилии, которая не прижилась в крестьянской среде.