Фамилия Сантовски звучит по-русски нестандартно: типичный польский суффикс -овски (-owski) указывает на шляхетское или географическое происхождение. Скорее всего, перед нами полонизированная фамилия, которую принесли в Россию выходцы из Речи Посполитой. Основа Сант- может восходить к польскому топониму — например, деревне Санты (Sąty) или местечку Санток (Santok), известному с XIII века как крепость на границе Великой Польши и Поморья.

Суффикс -овски в польской традиции образовывал фамилии от названий имений или местностей: владелец села Санты получал прозвание Сантовски. В русской среде такая фамилия могла появиться после разделов Польши, когда дворяне переходили на службу к Российской империи и сохраняли фамильное окончание. Альтернативная, но менее вероятная версия — от немецкого имени Санто (Santo) или итальянского Santo («святой»), но польский суффикс -овски делает эту гипотезу натянутой.

Фамилия редкая, в современных российских справочниках почти не встречается. Если предки носили её в XIX веке, они могли быть мелкими шляхтичами или однодворцами — потомками польских служилых людей, осевших на южных и западных рубежах империи. Написание через «в» (Сантовски, а не Сантовский) — ещё один признак польского происхождения: в польском языке суффикс -owski в русской передаче часто даёт вариант без редукции окончания.

Встречается также вариант Санто́вский с ударением на втором слоге — такая форма могла возникнуть в результате адаптации к русским фамилиям на -ский, где ударение подвижно. Но исходная модель — Сантовски — сохраняет память о географическом корне, который сегодня уже не прочитать без карты и словаря польских топонимов.