Фамилия Сапагова — женская форма от Сапагов, и её разбор стоит начать с основы, а не с суффикса. Основа «Сапаг» почти наверняка восходит к тюркскому слову «сапак» или «саба» — так в ряде тюркских языков (казахском, киргизском, ногайском) называют стебель растения, колос, а иногда и соломинку. В переносном смысле прозвище Сапак могли дать человеку высокому и худому, «стебельчатому», либо, наоборот, сутулому, согнутому, как стебель под ветром.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским «сабаг» (предшествование, опережение) или с персидским «сабаг» (урок, назидание). Однако для фамилий Северного Кавказа и Нижнего Поволжья, где Сапаговы встречаются чаще всего, тюркская «растительная» этимология выглядит естественнее.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе добавили суффикс -ов (в женском роде -ова). Это значит, что предок носителя фамилии носил прозвище или некалендарное имя Сапак, а его дети стали Сапаговыми. Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркоязычным населением — Дагестан, Чечня, Ингушетия, а также Астраханская область. Встречается и у кумыков, и у ногайцев, и у чеченцев, но определить точную этническую принадлежность только по фамилии сложно: тюркские основы легко переходили из языка в язык.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение. В русской традиции оно обычно падает на второй слог — Сапа́гова, хотя в исходных тюркских языках ударение могло быть на последнем слоге. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или скотоводческим — прозвища по внешним признакам давали в среде, где людей знали в лицо, а не по сословным титулам.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сапаев, Сапанов, Сапаров) показывает, что суффикс -гов встречается реже, чем -ев или -ов, что делает Сапагову более локальной и менее «обкатанной» в русском языке формой.