Фамилия Сапараев — яркий пример того, как географическое имя стало родовым. В её основе лежит топоним — название реки Сапарай или Сапара, которая протекает на территории современного Казахстана и Кыргызстана. Такая модель образования фамилий встречается в тюркской среде: человек, живший на берегах этой реки или происходивший из тех мест, получал прозвание Сапарай (в значении «живущий у Сапарая»), а его потомки становились Сапараевыми.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии. В исконном тюркском варианте она звучала бы как Сапарай-улы (сын Сапарая) или просто Сапарай. При переходе в русскую среду, особенно в XIX–XX веках, окончание привели к привычной модели притяжательных прилагательных: Сапарай + ев = «чей?» — Сапараев. Это типичная история для фамилий народов Средней Азии и Казахстана, где русская администрация фиксировала родовые имена с патронимическими суффиксами.

Менее вероятен, но возможен вариант, что основа — личное имя Сапар (в переводе с арабского «путник», «путешественник»), а аффикс -ай смягчает и облагораживает звучание. Тогда Сапараев — это «потомок Сапарая», где Сапарай — ласкательная форма от Сапар. Однако речная версия убедительнее: топонимические фамилии в тюркской среде встречаются гораздо чаще, чем уменьшительно-ласкательные формы от арабских имён.

Фамилия Сапараев довольно редкая за пределами Казахстана и Киргизии. В России её носители встречаются в основном в Оренбургской, Астраханской областях и в Татарстане — в местах, где исторически селились казахи и татары. По сословной принадлежности предки Сапараевых могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми крестьянами или купцами — точных данных нет, но географическая привязка к реке говорит о том, что род сформировался в сельской, а не городской среде.