Фамилия Сапарина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Сапарин. Её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или мирским именем Сапа́ра. В русских говорах слово «сапара» или «сапера» имело несколько значений. В одних диалектах так называли неуклюжего, нерасторопного человека, в других — задиру или сварливого спорщика. Есть и более прозаичная версия: сапарой могли прозвать того, кто носил сапоги, то есть сапожника, либо человека, который постоянно ходил в сапогах, что для крестьянской среды было отличительной чертой.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Сапарин — буквально «сын Сапары», «из семьи Сапары». Такие фамилии типичны для северных и центральных регионов России, где патронимическая модель на -ин была особенно распространена. В южных и восточных областях чаще встречался суффикс -ов/-ев, так что Сапарины исторически тяготеют к северу.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским корнем «сапар» — «путешествие», «поход». В этом случае Сапарой могли назвать странника или бывалого человека. Однако русская диалектная основа выглядит предпочтительнее, поскольку фамилия встречается в старых переписях именно в русских губерниях, а не в регионах с тюркским населением.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не значится. Встречается эпизодически, в основном на Урале и в Поволжье. В силу редкости её носители, скорее всего, происходят от одного или нескольких родственных родов, а не от множества независимых прозвищ.