Фамилия Сапоговський — редкий случай, когда украинское окончание -ський соединилось с основой, которая в такой форме почти не встречается в восточнославянских фамилиях. Если бы фамилия звучала как Сапогов или Сапожников, вопросов бы не было: корень «сапог» очевиден. Но суффикс -овск-/-овськ- указывает на топонимическое происхождение: такую фамилию получал человек, который был родом из села или хутора с названием Сапогово или Сапогів.

Вероятнее всего, фамилия образована от названия населённого пункта Сапогово (или Сапогівка), которых в исторических документах XIX века было несколько на территории современной Украины — в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Название села, в свою очередь, восходит к прозвищу или фамилии первого поселенца Сапог. В русской и украинской традиции прозвище Сапог давали либо сапожнику (по ремеслу), либо человеку с характерной внешностью — например, с крупными ступнями или неуклюжей походкой. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Сапог (XV век), что подтверждает бытование такого прозвища в древности.

Форма Сапоговський, а не Сапоговский, — надёжный маркер украинской языковой среды. Окончание -ський вместо -ский типично для украинских фамилий, особенно в западных и центральных регионах. При этом фамилия не относится к числу распространённых: в современных базах данных Украины она встречается единично, в основном в Винницкой и Житомирской областях. В России фамилия почти не фиксируется — там закрепился вариант Сапоговский, который тоже редок.

Интересная деталь: в отличие от массовой фамилии Сапожников (от слова «сапожник»), Сапоговський сохранила более архаичную основу — прямое прозвище Сапог, без суффикса профессии. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был сапожником в цеховом смысле, а получил прозвище по какой-то бытовой или внешней примете. Позже это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия, а после переселения в другое село или хутор к ней добавился суффикс принадлежности к месту — так и возник Сапоговський.