Фамилия Сапоговский — относительно редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — слово «сапог», а суффикс -овск- указывает на типичную модель образования польских, украинских или белорусских дворянских фамилий (по типу «чей?» — «Сапоговский» — «из рода Сапоговых»). В русской традиции фамилии на -ский чаще всего получали священнослужители или выходцы из шляхты, но в случае с Сапоговским вероятнее всего семинарское происхождение.

В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «искусственные» фамилии — по названию предмета, праздника, животного или предмета быта. Сапоговский мог появиться как «облагороженная» форма от бытового прозвища Сапог или Сапогов — так могли прозвать сапожника, торговца обувью или человека, носившего приметные сапоги. Суффикс -ский превращал простое прозвище в фамилию, звучавшую «по-дворянски», что было распространённой практикой в семинарской среде.

Версия о происхождении от географического названия менее вероятна, но не исключена. Если существовало село или урочище Сапогово (а такие топонимы встречаются на западе России, в Беларуси и на Украине), то помещик или житель этого места мог получить фамилию по названию владения. Однако массовых топонимов с корнем «сапог-» не зафиксировано, поэтому бытовая основа остаётся главной.

В польском языке слово «sapog» тоже означает сапог, а фамилии на -owski (Сапоговский — вариант русифицированного написания) были особенно популярны среди польской шляхты. Но носитель такой фамилии мог и не иметь знатного происхождения: в Речи Посполитой фамилии на -ский нередко брали крестьяне при переходе в православие или при получении вольной.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сапогов, Сапожников, Сапожков — показывает, что Сапоговский стоит особняком. Если Сапожников прямо указывает на профессию (сын сапожника), а Сапогов — на прозвище, то Сапоговский — это уже «фамилия второго порядка», созданная искусственно, чаще всего в книжной или церковной среде. Носители фамилии Сапоговский встречаются в основном в центральной России и на Украине, но нигде не образуют плотных гнёзд, что подтверждает её позднее и «кабинетное» происхождение.