Фамилия Саяфаров — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом -ов. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь работает по стандартной модели: от тюркского имени или прозвища, оканчивающегося на согласный, образовали отчество, которое затем закрепилось как фамилия. Сама основа «Саяфар» — это арабское имя, пришедшее через тюркское посредничество. В арабском языке «Саяф» (سياف) означает «меченосец», «воин с мечом» или «палач» — человек, владеющий мечом. Частица «-ар» в конце может быть тюркским формантом, образующим имя деятеля, или же искажением арабского «Саяф» при заимствовании. Таким образом, Саяфаров — буквально «сын меченосца» или «потомок воина».

Словообразовательная модель показывает, что фамилия не могла возникнуть в среде русского крестьянства, где фамилии часто давали по ремеслу или отцу. Скорее всего, её носители — потомки служилых татар, башкир или представителей других тюркских народов, принявших православие или влившихся в русское дворянство. В Российской империи фамилии на -ов у тюркских родов фиксировались в XVI–XVII веках, когда шла активная запись служилых людей по отчеству. Саяфаровы могли быть выходцами из Казанского ханства, Ногайской орды или из башкирских родов, где имя Саяфар встречается и сейчас.

Географически фамилия привязана к регионам с сильным тюркским субстратом: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к диаспорам в Средней Азии. Встречаемость её крайне низкая — в современных базах данных она не входит даже в тысячу самых распространённых. Это говорит о том, что род мог быть малочисленным или сильно разветвлённым, но не дал массового потомства. В советское время фамилия нередко искажалась при записи: встречаются варианты Саяфаров, Саяппаров, Саяфаров, что связано с неразличением звуков «п» и «ф» в некоторых тюркских диалектах.

Споров вокруг этимологии почти нет: арабское происхождение корня «сайф» (меч) подтверждается и в других фамилиях — Сайфуллин, Сайфетдинов, Саяпов. Единственная альтернативная версия — связь с персидским «сайяд» (охотник), но она слаба, так как в фамилии отчётливо слышен арабский корень «сайф», а не «сайд». Таким образом, Саяфаров — это фамилия-профессия, застывшая в отчестве, указывающая на воинское прошлое предка.