Фамилия Сайфиддинов — одна из тех, чьё происхождение лежит не в славянской, а в арабо-персидской культурной традиции. Её основа — мужское личное имя Сайфиддин, которое состоит из двух корней: арабского «сайф» (меч) и «ддин» (вера, религия). В буквальном переводе имя означает «меч веры» — это типичный теофорный антропоним, популярный в среде мусульманских народов, особенно у татар, башкир, узбеков и народов Кавказа. Таким именем могли нарекать мальчика в честь религиозного деятеля или как пожелание стойкости в вере.

Русский суффикс -ов, добавленный к восточному имени, указывает на адаптацию фамилии в российской имперской среде. В XIX — начале XX века, когда многие народы Поволжья, Средней Азии и Кавказа получали фамилии по русскому образцу, окончание -ов или -ев прикрепляли к отцовскому имени. Таким образом, Сайфиддинов — это «сын Сайфиддина», то есть отчество, закреплённое как фамилия. Встречается и вариант Сайфутдинов, но Сайфиддинов — более точная передача исходного арабского написания.

Географически фамилия чаще всего фиксируется у татар (особенно казанских и сибирских), а также у узбеков и таджиков. В русских документах она могла записываться через «и» или «ы» — Сайфиддинов или Сайфыддинов, но второй вариант встречается реже. Интересно, что в дореволюционных метрических книгах мечетей Оренбургской и Уфимской губерний эта фамилия нередко писалась с двумя «д» — Сайфиддиновъ, что подчёркивало долготу звука в арабском.

Сословная принадлежность предков Сайфиддиновых могла быть разной: от крестьян до купцов или духовных лиц. Само имя «Меч веры» часто давали детям мулл или людей, связанных с исламским образованием, но это не обязательное правило — в народной среде имя тоже было распространено. Редкость фамилии в целом (она не входит в число массовых) говорит о том, что носители сохраняют относительно компактную родовую линию, возможно, из одного села или региона.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Сайфуллин, Сайфиев, Сайфутдинов, — то Сайфиддинов стоит особняком: в нём сохранена полная форма имени без усечения, что встречается реже. Это может указывать на более позднюю или более точную запись при переходе от арабской графики к кириллице.