Фамилия Сайгатова образована от мужской формы Сайгатов, и её основа — прозвище или имя Сайгат. Разбор фамилии показывает, что она принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ов/-ев, которые происходят от отчества или прозвища отца. В данном случае суффикс -ов присоединён к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный, что типично для фамилий, возникших в центральных и южных регионах России.

Корень «сайгат» имеет тюркское происхождение. В татарском, башкирском и казахском языках слово «сайгат» означает «подарок», «дар» или «трофей». Это могло быть личным именем-пожеланием, которое давали ребёнку, чтобы он стал ценным даром для семьи, или прозвищем удачливого охотника, добывшего богатый трофей. Встречается и вариант, где «сайгат» — это искажённое «сайгак» (степная антилопа), но он менее вероятен, так как прозвища от названий животных обычно давались за внешнее сходство или повадки, а не за ценность.

Географически фамилия Сайгатова наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди башкир и татар, проживающих в других регионах России. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были тюркоязычными крестьянами или ремесленниками, которые получили фамилию после отмены крепостного права или в ходе переписей населения XIX века. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её носители были в основном из податных сословий.

Однокоренные фамилии — Сайгатов, Сайгатдинов, Сайгатшин — встречаются реже и могут указывать на разные диалектные формы или варианты записи в метрических книгах. В некоторых документах фамилию могли записывать как Сайгатов или Сайгат, но современная форма Сайгатова закрепилась через женскую линию, что типично для фамилий, передаваемых по матери, или при оформлении документов на женщину.