По одной из версий фамилия Саюн образовалась от аналогичного имени. Вероятно, оно восходит к татарскому глаголу «сөю», который в переводе на русский язык имеет значение «любить, ласкать». Скорее всего, подобным именем нарекли долгожданного и любимого ребенка. Не исключено, что фамилия произошла от прозвища Саюн. Есть мнение, что в его основе лежит киргизский глагол «сайын» в значении «утыкаться, нацепить на себя». В этом случае прозвища Саюн мог получить человек, который любил носить украшения. Согласно другой гипотезе, прозвище Саюн произошло от древнетюркского «сай» - « «сухой овраг». Таким образом, можно предположить, что Саюном могли называть человека, живущего возле оврага. Менее вероятно, что прозвище этимологически связано с белорусским прилагательным «сеўны», которое можно перевести на русский язык как «посевной». Следовательно, это прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка. Возможно, так называли человека, работающего в поле или крестьянина.