Фамилия Сайынов — редкая и с первого взгляда неочевидная по происхождению. В русской ономастике она смотрится инородно, и дело здесь не столько в суффиксе, сколько в основе. Суффикс -ов стандартный, патронимический, указывает на принадлежность («чей?» — Сайынов, то есть сын Сайына). Но корень «Сайын» не является ни русским крестильным именем, ни распространённым прозвищем из диалектной лексики. Это прямой ключ к версии, что фамилия — не исконно русская, а тюркская по происхождению, русифицированная при добавлении фамильного окончания.

Скорее всего, в основе лежит тюркское имя Сайын (варианты: Саин, Саян, Сайн). В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском, киргизском) слово «сайын» или «саин» имеет значения «лучший», «отличный», «достойный», «благородный». В казахском, например, «сайын» также может означать «каждый» или употребляться как часть составных имён, но как самостоятельное личное имя оно фиксируется. Таким образом, Сайынов — это «сын Сайына», то есть потомок человека, которого нарекли именем со значением «лучший» или «почтенный». Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Поволжье (особенно Татарстан и Башкортостан), Оренбуржье, а также к северному Казахстану, где в XIX веке активно шла русификация фамилий через приписку суффиксов.

Другая, менее вероятная версия отталкивается от ойконима — названия населённого пункта. Скажем, в Башкортостане есть деревня Саиново (от тюркского имени Саин), и фамилия могла возникнуть как прозвище выходца оттуда. Но для такого варианта типичнее была бы фамилия Саинов (без «ы»), поэтому версия с прямым личным именем Сайын выглядит предпочтительнее.

В русских документах фамилия встречается редко, что говорит о её узколокальном бытовании. В отличие от массовых крестьянских фамилий центральной России, Сайыновы — это, скорее всего, потомки служилых татар, башкир или казахов, перешедших в русское подданство и получивших фамилию по отцу. Фамилия не меняла формы, не имела дворянского варианта и сохранилась в той записи, какой её зафиксировали при первом учёте.