Фамилия Сечена — довольно редкая и необычная по своему происхождению. Она относится к группе «семейных» прозвищ, образованных от глагола «сечь». В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев (Сечёнов, Сечин), форма Сечена — это краткое страдательное причастие прошедшего времени женского рода. Буквально: «та, которую секли» или «та, что сечена». Такая модель образования встречается редко и указывает на то, что фамилия могла закрепиться за женщиной — либо как прозвище, данное ей в общине, либо как материнское именование ребёнка.

Скорее всего, основательница рода носила прозвище Сечена. В русских говорах так могли назвать женщину с суровой внешностью или тяжёлым характером (будто «сеченая жизнью»), либо, напротив, ту, что отличалась резкостью в словах и поступках. Не исключён и бытовой контекст: например, жену плотника или дровосека, которая помогала мужу в работе с топором, прозвали Сеченой. В некоторых диалектах «сечена» означала «рубленая» — это могло относиться к хозяйке, что рубила капусту или мясо.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где причастия в роли прозвищ встречались чаще, чем на севере. В документах XVII–XVIII веков можно найти единичные упоминания крестьянок и казачек с таким именованием — обычно в ревизских сказках или исповедных росписях. Позже, при закреплении фамилий, форма Сечена могла перейти и к потомкам по мужской линии, не меняя окончания.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Сечена стоит особняком. Сечёнов (от прозвища Сечён) или Сечин (от «сеча» — рубка, битва) гораздо привычнее. А Сечена — это архаичная, «женская» форма, сохранившаяся без изменений. Такие фамилии — редкость в русском ономастиконе, и их носители могут с высокой вероятностью проследить родство до конкретной женщины-основательницы, а не до мужского прозвища.