Фамилия Седенко чаще всего происходит от прозвища Седой. Так на Руси называли человека, рано поседевшего или родившегося с совершенно белыми волосами. Прозвище быстро становилось семейным, а суффикс -енко, характерный для украинской традиции, превращал его в отчество: буквально Седенко — «сын Седого». Эта словообразовательная модель — одна из самых распространённых на землях современной Украины, поэтому фамилию стоит считать типично украинской по происхождению.

Есть и вторая версия, которую всерьёз рассматривают ономасты. Согласно ей, Седенко — фонетический вариант фамилии Сиденко. В её основе лежит прозвище Сидень, образованное от глагола «сидеть». Сиднями в старину называли не только тех, кто из-за болезни ног не мог ходить, но и людей, которые просто не любили много двигаться, предпочитая домашний образ жизни. При таком прочтении предок рода Седенко либо страдал недугом, либо был домоседом. Правда, эта гипотеза выглядит менее убедительной: написание через «е» легко объяснить аканьем или местными говорами, но чаще в документах встречается именно форма с корнем «сед-», что указывает на связь с цветом волос.

История фамилии прослеживается по документам как минимум с конца XVIII века. В «Первой переписи казаков-переселенцев на Кубань» 1794 года упоминаются двое носителей фамилии. В курене Рогивском жил казак Никифор Седенко, а в курене Калниболоцком, в селении Терновки, — Николай Седенко, работавший у полкового есаула, армии подпоручика Андрея Белиго. Эти записи показывают, что Седенко были среди первых переселенцев, осваивавших кубанские земли, и принадлежали к казачьему сословию.

Встречается фамилия и в более поздних источниках. В мартирологе есть сведения об украинце Александре Максимовиче Седенко (в некоторых документах — Сиденко), родившемся в 1883 году в Бердянске. Он жил в городе Игарке и работал судовым механиком парохода «Норильск». Этот факт подтверждает, что носители фамилии активно перемещались по стране и осваивали новые территории, в том числе Сибирь.

Любопытно, что фамилия сохранила и старую форму прозвища, и его смысл. В отличие от многих других фамилий, где исходное слово со временем стёрлось из памяти, здесь всё прозрачно: Седой — беловолосый, седой человек. Именно эта ясность и помогает надёжно реконструировать историю рода, не прибегая к натянутым трактовкам.