Фамилия Седлин — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию точнее, чем корень. Если бы фамилия звучала как Седлов или Седлов, её смело можно было бы считать великорусской. Но -ин в сочетании с основой на -л чаще встречается на северо-западе и в бывших польско-литовских землях. Правдоподобнее всего, что Седлин — это русифицированная форма польской или белорусской фамилии Седлиньский, которую сократили при переезде в центральную Россию. Либо, что ещё проще, фамилия образована от названия населённого пункта Седлины (такие есть в Польше и Беларуси) — по модели «выходец из Седлин» стал Седлиным.

Корень восходит к польскому słodły или белорусскому сядло — «седло». В славянских языках это слово дало множество прозвищ: Седляр (седельщик, шорник), Седлак (крестьянин, имеющий седло, то есть конный), а также Седло — прозвище человека с характерной осанкой или профессией. Седлин, таким образом, мог означать «сын седельщика» или «потомок того, кто делал сёдла». Ремесло было востребованным: вплоть до XIX века шорники и седельники составляли отдельные цеха в городах и слободах.

Версия о происхождении от имени Седля (уменьшительное от Седослав или Седимир) менее убедительна: такие имена почти не встречаются в святцах, а в народном обиходе их вытеснили христианские. Поэтому основная гипотеза — профессиональная или топонимическая, а не патронимическая.

В русских губерниях фамилия Седлин фиксируется с XIX века, но крайне редко. Встречается в основном в центральных областях — Тверской, Московской, Ярославской, куда переселенцы с запада приносили свои фамилии. В метрических книгах Седлины часто записаны как мещане или крестьяне, реже — купцы. Дворянской ветви, судя по доступным данным, не существовало.

Однокоренные фамилии — Седлов, Седляр, Седлецкий, Седлевич. Они различаются суффиксами, но объединены одним корнем: все указывают на связь с седлом либо с местом Седлец. Седлин стоит особняком: он короче и звучит «по-русски» только благодаря окончанию -ин, тогда как основа выдаёт западное происхождение.