Фамилия Сеган — редкий случай, когда написание почти не оставляет пространства для сомнений в основе, но зато заставляет спорить о языке-источнике. В русском ухе она звучит как что-то нерусское, и это верно: ни суффикса -ов, ни -ин, ни -ский здесь нет. Перед нами чистая основа, которая попала в русские метрики либо через тюркское, либо через западноевропейское посредничество.

Самая вероятная версия — тюркская. Основа «сеган» или «сегян» восходит к тюркскому слову со значением «любимый», «милый», «дорогой». В татарском, башкирском, казахском языках есть слово «сөйгән» (söygän) — «возлюбленный», «тот, кого любят». При переходе в русскую письменность мягкое «ө» часто передавали через «е» или «ё», а конечное «-гән» давало «-ган». Так имя или прозвище Сеган (любимый, желанный ребёнок) могло закрепиться как фамилия без дополнительных русских суффиксов — такое случалось у татарских и башкирских родов, особенно в среде служилых татар или крещёных народов Поволжья.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза — французский след. Фамилия Séguin (Сеген) известна во Франции, её носил, например, знаменитый врач Эдуард Сеген, работавший с умственно отсталыми детьми. Французский Séguin — уменьшительная форма от древнегерманского имени Sigwin (победа + друг). В России XVIII–XIX веков французские фамилии могли появляться у гувернёров, офицеров или обрусевших дворян, но в массовом крестьянском быту они редки. Поэтому французская версия правдоподобна лишь для единичных дворянских или разночинских линий.

Географически фамилия Сеган встречается в России рассеянно, но заметный след есть в Татарстане и Башкортостане, а также среди русских старообрядцев Западной Сибири. Второй случай может объясняться тем, что «Сеган» — искажённое «Сиган» (от «сигать» — прыгать, скакать), прозвище для непоседливого человека. Однако такое объяснение фонетически слабее: «сигать» даёт скорее «Сиганов» или «Сигин», а не «Сеган».

Таким образом, для большинства носителей фамилии Сеган наиболее вероятна тюркская основа со значением «любимый». Предок мог быть татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, а прозвище ему дали по душевному качеству или как ласковое обращение к ребёнку. Если же фамилия редкая и единичная в роду — стоит проверить французские корни, особенно если семья имела отношение к образованию или медицине.