Фамилия Сеген — редкий пример тюркского следа в русском ономастиконе. Её основа напрямую восходит к древнетюркскому слову, которое означало «цыган». Отсюда и главная версия происхождения прозвища: его дали родоначальнику по национальной принадлежности. Однако в старину тюркские народы использовали это слово шире, и потому прозвище Сеген могло пристать к человеку с тёмной кожей и чёрными волосами — независимо от того, был ли он цыганом на самом деле.

Но на этом смыслы не заканчиваются. В повседневной речи цыганами нередко называли плутов, барышников и перекупщиков — людей, чей промысел строился на хитрости и умении выгодно продать. Поэтому не исключено, что прозвище Сеген отражало не внешность, а характер предка: его изворотливость, предприимчивость или склонность к торговле. Такая двойная трактовка типична для прозвищ: одно и то же слово могло описывать и происхождение, и поведение человека.

Сама фамилия образована без типичного русского суффикса — она застыла в форме исходного прозвища. Это говорит о том, что её носители, вероятно, происходили из среды, где тюркские имена и прозвища бытовали естественно: из татарских, башкирских или других тюркоязычных семей, попавших в русское окружение. В таких случаях фамилию часто записывали без изменений, как слышали, что и закрепило форму «Сеген».

Среди однокоренных параллелей можно назвать фамилии Сегенев или Сегенов — они возникали, когда прозвище адаптировали под славянскую модель с суффиксом принадлежности. Сама же форма «Сеген» встречается реже и потому особенно интересна: она сохранила более архаичный, нетронутый вид.

Точных сведений о географии фамилии или известных исторических носителях мало — это не массовая фамилия, а скорее локальная. Но сам факт её существования — живое напоминание о том, как в русских фамилиях отражались контакты с тюркским миром, где прозвища часто описывали человека точнее и ярче, чем официальное имя.