Фамилия Сеглинья — один из тех случаев, когда написание подсказывает географию лучше, чем корень. Финал -илья, -илья характерен для итальяноязычных фамилий (вспомните Бальдини, Маньяни), и Сеглинья почти наверняка имеет итальянское происхождение. В русском языке такое окончание — редкость, и фамилия явно не славянская по модели образования.

Скорее всего, в основе лежит итальянское слово segno — «знак», «метка», или его производные. Самая прямая версия: прозвище Segno (Сеньо) давали человеку с заметной приметой — родинкой, шрамом, родимым пятном. Суффикс -iglia в итальянском языке часто образует фамилии по модели «сын такого-то» или «принадлежащий к роду такого-то». То есть Сеглинья (Seglignia) — это русифицированная запись итальянской фамилии Segligni или Segligna, где корень тот же segno, а окончание указывает на принадлежность к роду «Сеньо». Дословно: «из рода Меченого» или «Знакового».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с итальянским segale (рожь). Тогда прозвище могло относиться к земледельцу или торговцу зерном. Однако переход segale в Seglignia фонетически менее естественен, чем от segno.

В России фамилия встречается крайне редко. Её носители, скорее всего, потомки итальянцев, которые оказались в Российской империи в XVIII–XIX веках: архитекторы, строители, художники, музыканты, приглашённые ко двору, или купцы, осевшие в южных портах. Написание «Сеглинья» твёрдое, без мягкого знака после «н», — это калька с итальянского произношения, где gli даёт мягкий звук «ль». В русской записи мягкость передали буквой «я», а не «ья» (как в фамилии Демьян), что и дало нетипичный для русского уха финал.

Сравните с однокоренными итальянскими фамилиями Сеньи, Сеньяти, Сеньорелли. Сеглинья стоит в том же ряду, но с редким суффиксом, который указывает на конкретную местность в Италии — скорее всего, Северную или Центральную Италию (Тоскана, Лигурия, Ломбардия), где такие модели распространены. Точную итальянскую форму восстановить сложно: в метрических книгах XIX века её могли записать как Segligni, Segligna или даже Seglini, а в России переделали на свой лад.