Фамилия Сеглин — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной расшифровке. На первый взгляд она похожа на типичную русскую фамилию на -ин, образованную от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я (ср. Пушкин от Пушка, Ильин от Илья). Но корень «сегл-» в русском языке не встречается ни как самостоятельное слово, ни как известное прозвище. Это заставляет искать объяснение за пределами великорусской ономастики.

Наиболее вероятная версия — еврейское происхождение. Фамилия Сеглин могла возникнуть в среде ашкеназских евреев как вариант фамилии Сегал или Сегель. Исходная форма «Сегал» — это аббревиатура ивритских слов «сган леви» (помощник левита), то есть обозначение человека, который помогал левитам в храмовой службе. В Восточной Европе фамилия Сегал была широко распространена, и её производные (Сегалин, Сеглин, Сегельман) появлялись в результате адаптации к местным языкам. Суффикс -ин в этом случае — не русский патронимический показатель, а славянизированное окончание, которое придали фамилии при записи в документах Российской империи.

Вторая, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть основа «сег» (например, в казахском «сегiз» — восемь), но убедительных прозвищ или имён, от которых мог образоваться Сеглин, не зафиксировано. Спекулятивные попытки вывести фамилию из немецкого «Segel» (парус) или французского «seigle» (рожь) не выдерживают критики: в России такие слова не становились основой для фамилий без посредничества прозвища, а прозвищ «Парус» или «Рожь» в форме «Сегл» не существовало.

География фамилии тоже указывает на её позднее появление. Сеглины встречаются в основном в записях XIX–XX веков на территории черты оседлости (Беларусь, Украина, западные губернии России). В центральных и северных русских областях фамилия практически не фиксируется. Это косвенно подтверждает версию о еврейском происхождении: именно в этих регионах происходила массовая запись еврейского населения в фамилии по указу 1804 года.

Таким образом, носитель фамилии Сеглин с высокой долей вероятности имеет предков из еврейской среды, чья фамилия восходит к храмовому титулу «сеган леви». Русский суффикс -ин лишь оформил фамилию по привычной модели, не изменив её иноязычной основы.