Фамилия Сеидханов — яркий пример тюрко-персидского именования, которое закрепилось в России и на Кавказе. Её основа — составное имя Сеидхан, где первая часть «сеид» (от арабского سيد — господин, повелитель) — почётный титул потомков пророка Мухаммеда через его внука Хусейна. В мусульманском мире сеиды составляли особую социальную прослойку, их уважали и часто освобождали от налогов. Вторая часть — «хан» — тюркский титул правителя, князя или военачальника. Таким образом, имя Сеидхан буквально означает «господин-хан» или «хан из рода сеидов».

Русский суффикс -ов присоединился к основе уже в российской среде, превратив личное имя в фамилию. Такая модель типична для фамилий тюркских и кавказских народов, оказавшихся в составе Российской империи: сына Сеидхана стали записывать как Сеидханов. Географически фамилия чаще всего встречается среди народов Дагестана (особенно кумыков, лезгин, аварцев), а также у азербайджанцев и чеченцев. Это объясняется тем, что в этих регионах титул «сеид» сохранял реальное социальное значение вплоть до XX века.

Стоит различать фамилию Сеидханов и схожую по звучанию Сейтханов (или Сейдаметов). В основе Сейтханов лежит арабское имя Сейит (синоним «сеида»), но суффиксальная модель иная. Сеидханов же — более архаичная форма, где обе части имени равноправны. В дореволюционных документах встречаются варианты написания: Сеид-Ханов, Сеидхановъ, что указывает на недавнее слияние имени в единую фамилию.

Владельцы фамилии могли происходить из духовных или знатных родов, но не обязательно. После революции 1917 года многие сеиды потеряли привилегии и смешались с крестьянством, поэтому сегодня фамилия не указывает на сословие — она лишь сохраняет память о высоком титуле предка.