Фамилия Сеилханов — редкий случай, когда тюркское имя-основа и русский патронимический суффикс скрещиваются на казахской почве, но с приметой, выбивающейся из привычного ряда. Разберёмся по порядку.

Основа фамилии — мужское имя Сеилхан. В нём две части. Первая, Сеил, — это фонетический вариант имени Сейил (арабское سيل — «поток», «река» или «щедрость», «обилие»). В тюркской антропонимии такие имена давали с пожеланием благополучия, изобилия. Вторая часть, хан, — широко распространённый компонент в именах народов Центральной Азии, означающий «правитель», «владыка». Сложносоставные имена вроде Сеилхан, Сеилбай, Сеилжан были типичны для казахов и других тюркоязычных групп: они не обязательно указывали на реальную власть — скорее, на высокий статус, который родители желали ребёнку.

Фамилию образовали по русской модели: к имени отца (Сеилхан) добавили суффикс -ов, который у славян указывал на принадлежность («чей сын?» — Сеилханов). Это классический пример «опричнивания» тюркских имён в имперский период, когда казахам, башкирам, татарам и другим народам при переписях и паспортизации давали фамилии на -ов/-ев по имени отца. Однако здесь есть нюанс: в самой казахской традиции патроним обычно передаётся через -улы/-кызы, а не через -ов. Фамилия Сеилханов — знак того, что её носители жили в зоне активного русского административного влияния (например, в Северном или Центральном Казахстане) либо получили фамилию в советское время при унификации документов.

В написании возможна вариативность: встречается форма Сеильханов (с мягким знаком), но она менее частотна. В казахской латинице фамилия выглядела бы как Seilkhanov или Seilxanov. С точки зрения словообразования, фамилия не имеет дополнительных суффиксов (вроде -ин или -ский), что указывает на относительно позднюю фиксацию — скорее всего, конец XIX — начало XX века.

О сословной принадлежности предков сказать что-то определённое трудно. Имя Сеилхан могли носить и потомки степной аристократии (ак-суйек), и простые скотоводы — в тюркской среде «хан» в имени не гарантировал знатного происхождения. Встречаемость фамилии невысокая, сосредоточена преимущественно в Казахстане, реже — среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). Единичные носители есть в Узбекистане и Кыргызстане, что связано с миграциями советского времени.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Сеилов, Сеилбаев, Сейилханов, — то Сеилханов выделяется именно компонентом «хан», который в русской передаче звучит архаичнее и весомее. В бытовом общении фамилия нередко сокращается до Сеилов или искажается в Сельханов — это нормально для устной речи, но в документах важно сохранять исходную форму.