Фамилия Сейльханов — редкая и, судя по структуре, скорее всего тюркская или кавказская по происхождению. Основа «Сейльхан» распадается на две части: «Сейль» (или «Сейл») и «хан». В тюркских языках «хан» — древний титул верховного правителя, военного вождя. Первая часть, «Сейль», вероятно, восходит к арабскому имени «Сейид» (господин, потомок пророка Мухаммеда) или к тюркскому слову «сейил» (поток, течение), но в составе фамилии более правдоподобно имя Сейид. Таким образом, исходное имя Сейльхан могло означать «хан-сейид» или «господин из рода ханов». Суффикс «-ов» указывает на русскую адаптацию: так фамилии оформляли в документах Российской империи, добавляя стандартное окончание к местным основам.

Скорее всего, фамилия образована от мужского личного имени Сейльхан. Такие имена были распространены у народов, где титул «хан» входил в состав имени как пожелание знатности или власти (кумыки, ногайцы, казахи, татары). Фамилия Сейльханов встречается преимущественно в Дагестане и среди чеченцев, что подтверждает её северокавказскую привязку. У кумыков, например, имя Сейльхан — составное, где первая часть может быть вариантом имени Сайид (Сейид), а вторая подчёркивает высокое положение.

Словообразовательная модель Сейльхан + -ов типична для русского делопроизводства XIX — начала XX века, когда представителям нерусских народов присваивали фамилии по отцу. Если отца звали Сейльхан, его сын записывался как Сейльханов. Фамилия не получила широкого распространения и остаётся редкой, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного рода или нескольких аулов.

В ономастической литературе эта фамилия не описана подробно, но по аналогии с однокоренными (Сейидов, Сейфуллин, Ханбеков) можно утверждать, что её носители — потомки человека, носившего почётное имя-титул. Социальный контекст: предки Сейльхановых могли принадлежать к узденям (свободным общинникам) или даже к княжеским родам, если имя «хан» было не просто пожеланием, а отражало реальное положение.