Фамилия Сейилханов — редкий пример фамилии, в которой тюркский корень сочетается с арабским и русским словообразованием. Её основа — мужское имя Сейилхан, которое состоит из двух частей. Первая, «Сейил» (или «Сейль»), восходит к арабскому слову «сайль» — «поток», «ливень». В тюркской среде это имя нередко давали с пожеланием, чтобы жизнь ребёнка была полноводной, как река, или чтобы он приносил благо, подобно дождю. Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя, который в составе имён на Кавказе и в Средней Азии превратился в пожелание власти и достоинства. Таким образом, Сейилхан — «хан потока» или «хан, подобный ливню», что звучит метафорически, как «владыка изобилия».

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Сейилхан добавили суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Сейилханов). Это типично для фамилий, которые складывались у народов Российской империи в XIX–XX веках, когда при переписях и в документах тюркские имена русифицировали. Суффикс -ов здесь вытеснил бы возможные местные патронимические окончания вроде -улы или -оглы.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где встречаются тюркские народы с сильным арабским влиянием в именослове, — в первую очередь к Казахстану, Киргизии и Узбекистану. В России она может встречаться среди казахов или каракалпаков, а также у представителей народов Дагестана, где арабские имена с титулом «хан» тоже прижились. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её недавнем закреплении или о происхождении от конкретного носителя, чьи потомки не разошлись широко.

С точки зрения социального контекста, носитель исходного имени Сейилхан, скорее всего, не был ханом в прямом смысле. В XIX веке титул «хан» в личных именах стал просто престижным компонентом — как «бек» или «мирза». Так могли назвать сына в семье, желавшей подчеркнуть его значимость, или же это было прозвище, данное за лидерские качества. Фамилия не указывает на дворянское происхождение — она бытовая, и её носители в массе были скотоводами, земледельцами или ремесленниками.

В написании возможны варианты: Сейилханов (с буквой «и» после «е») — самый частый, но в документах встречается Сейлханов (без «и»), что отражает разное произношение в диалектах. Оба варианта восходят к одному корню, и путаница возникает из-за того, что арабское «сайль» в устной речи тюрков могло звучать как «сейл» или «сейил».