Фамилия Сеильханова — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского имени, где вторая часть — «хан». Основа фамилии — мужское имя Сеильхан (варианты написания: Сейильхан, Сейльхан). Первая часть, «Сеиль» (Сейиль), восходит к арабскому «саййид» — господин, повелитель, почётный титул потомков пророка Мухаммеда. В тюркских языках это слово часто переходило в имя Сейит, Сейиль. Вторая часть — «хан» — верховный правитель, князь. Таким образом, имя Сеильхан можно перевести как «господин-хан» или «благородный хан», что указывает на высокое происхождение или уважение к носителю.

Фамилия образована по русской модели: к основе имени Сеильхан прибавили патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Это означает «принадлежащий Сеильхану», «из рода Сеильхана». Такая модель типична для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи: русская администрация фиксировала имена по отчеству, добавляя окончание -ов/-ев, -ин.

Вероятнее всего, фамилия имеет казахское или ногайское происхождение. В Казахстане имя Сеильхан (Сейілхан) встречается, хоть и не массово. Фамилия Сеильханов (и женская форма Сеильханова) распространена среди казахов, особенно в западных и южных регионах, а также среди каракалпаков. Встречается она и у татар, но реже.

С точки зрения сословной истории, носители фамилии могли принадлежать к «ак-суйек» (белой кости) — потомкам чингизидов или духовных лидеров, если имя давалось в честь реального предка с титулом хана. Однако чаще составные имена с «ханом» давали как пожелание силы и власти, не обязательно указывая на реальное правление. Поэтому предок Сеильхан мог быть и уважаемым аксакалом, и зажиточным скотоводом, а не обязательно правителем.

Окончание -ова у женской формы фамилии — это не признак рода, а стандартное русское склонение. В казахском языке фамилия звучала бы как Сеильханқызы (дочь Сеильхана) или просто Сеильханова без изменения по падежам.

При поиске предков стоит обратить внимание на вариации написания: в дореволюционных метрических книгах и советских документах фамилию могли записать как Сеильханов, Сейльханов, Сейильханов. Разница в первой букве (Сей- vs Сеи-) не меняет корня — это особенности передачи арабского «сайн» через кириллицу.