Фамилия Сейитханов — относительно редкая, но с прозрачной и показательной структурой. Она сложена из двух компонентов: личного имени Сейит (тюркская форма арабского саййид, «господин, потомок пророка Мухаммеда») и тюркского титула хан («правитель, владыка»). К этой основе добавлен русский патронимический суффикс -ов, который в русской традиции оформляет фамилии нерусского происхождения. Буквально Сейитханов — «сын Сейитхана» или «потомок человека, которого звали Сейитхан».

Исходное составное имя Сейитхан — это типичный для мусульманского Востока «усилительный» антропоним. Первая часть, Сейит, указывала на принадлежность к роду пророка (почитаемому сословию), а вторая, хан, добавляла значение верховной власти. Такое двойное имя давали не для буквального обозначения статуса, а как пожелание ребёнку почёта и силы. Встречается оно у многих тюркских народов — у туркмен, казахов, узбеков, каракалпаков, а также у ногайцев и крымских татар. Соответственно, фамилия Сейитханов в России чаще всего указывает на среднеазиатские или северокавказские корни семьи.

Интересная деталь — написание через -и- в первом слоге. В русской передаче арабское саййид часто записывают как «Сеид» или «Саид», но форма «Сейит» характерна для туркменского и некоторых диалектов турецкого языка. Это может быть тонким указанием на конкретный регион происхождения: скорее всего, предки носителя фамилии были из Туркменистана или из туркменских общин в других странах. Фамилии на -ханов (в отличие от более распространённых -хан без суффикса) — это именно русскоязычный документный вариант, закрепившийся в паспортах и метриках в XIX–XX веках.

Несмотря на «высокое» значение корней, фамилия Сейитханов не говорит напрямую о дворянском или аристократическом происхождении её носителя. В Российской империи и СССР такие фамилии получали и потомки духовных лиц (ишанов, сеидов), и просто семьи, где отца звали Сейитханом, — вне зависимости от его реального социального положения. Сейчас это обычная фамилия, сохраняющая память о тюркском имени-пожелании, которое соединило в себе два почётных титула исламского Востока.