Фамилия Секоян — почти наверняка армянского происхождения, что выдают характерный суффикс -ян и основа, не имеющая славянских корней. В армянской ономастике формант -ян (-յան) выполняет ту же роль, что русское -ов/-ев или грузинское -дзе: он указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка. Дословно «Секоян» значит «из рода Секо» или «потомок Секо».

Основа Секо- восходит к личному имени или прозвищу. Самое правдоподобное объяснение — это усечённая форма армянского имени Сек, которое, в свою очередь, может быть вариантом библейского Исаак (арм. Սահակ — Саак). В народной речи имена нередко сокращались: Саак → Сек → Секо. Тогда фамилия Секоян — это «потомок Секо», то есть потомок человека по имени Сек (Саак).

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает основу с армянским словом «сек» (սեկ) — так в некоторых диалектах называли упрямого или своенравного человека. В этом случае прозвище Секо мог получить человек с непростым характером, а его дети и внуки стали Секоянами. Однако из-за того, что фамилия образована через патронимический суффикс, а не напрямую от прозвища, версия с личным именем выглядит надёжнее.

Фамилия нечастотна и в основном встречается среди армян, живших на территории исторической Армении — в современных Армении, Грузии (особенно в Джавахке) и в армянских диаспорах России и Краснодарского края. Написание на русском стабильное: через «е» в первом слоге, хотя в армянском оригинале возможны варианты транслитерации (Секоян, Սեկոյան). Сословной принадлежности у фамилии нет: армянские фамилии на -ян в равной степени носили и крестьяне, и ремесленники, и священники.