Фамилия Сельскова — женская форма фамилии Сельсков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Сельской. В основе лежит прилагательное «сельский», то есть «живущий в селе», «деревенский». В XVI–XVII веках так могли назвать человека, который перебрался в город, но сохранил деревенские привычки или внешность, либо, наоборот, крестьянина, которого выделяли из общины за привязанность к земледельческому труду. Суффикс -ск- в фамилии указывает на притяжательное значение: «чей?» — «принадлежащий Сельскому», а окончание -ов добавилось по модели фамилий на -ов/-ев, характерной для центральной России.

Интересно, что фамилия Сельсков встречается гораздо реже, чем её «городской» аналог Городсков или Городской. Это может говорить о том, что прозвище Сельской давали не просто каждому крестьянину, а человеку с ярко выраженной связью с конкретным селом — возможно, выходцу из дальнего поселения или тому, кто в селе занимал заметную должность (староста, писарь). В ономастике известен случай, когда фамилию давали по названию места жительства: если предок жил в селе Сельское (такие топонимы есть в Ярославской и Костромской областях), то его потомки могли стать Сельсковыми.

С точки зрения словообразования, фамилия Сельскова стоит в ряду с фамилиями типа Рыжков (от Рыжко), Меньшов (от Меньшой) — то есть образована от краткой формы прилагательного с суффиксом -ск-. Это нетипично для русских фамилий: обычно суффикс -ск- появляется в фамилиях на -ский (Сельский), а здесь он слился с патронимическим -ов. Такая модель встречается в северных и вологодских говорах, где говорили «Сельской» вместо «сельский», а потом прибавляли -ов для оформления фамилии.

Версия о происхождении от названия населённого пункта менее вероятна: топоним Сельсково встречается редко, а если бы фамилия была «географической», она звучала бы как Сельский или Сельских. Поэтому наиболее правдоподобно, что предок носительницы фамилии Сельскова получил прозвище за свой сельский образ жизни или место жительства, а фамилия закрепилась в форме с суффиксом -ов, характерной для центральных и северных губерний России.