Фамилия Семгин образована не от названия рыбы, как можно было бы подумать. В русском языке слово «сёмга» пишется через «ё», и фамилия Семгин с буквой «е» в корне с ней не связана. Основа здесь другая — разговорная форма крестильного имени Семён. В диалектах и бытовой речи имя Семён могло звучать как Семга́, с ударением на последний слог, по аналогии с другими краткими формами: Сеньга, Митьга. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Семгин буквально значит «сын Семги», то есть Семёна.

Такая модель образования — от усечённой формы имени с помощью суффикса -га — нечаста, но встречается в северных и центральных русских говорах. Сравните фамилии Митьгин (от Митька) или Ваньгин (от Ванька). Появление звука «г» в суффиксе объясняется простонародным произношением, где «к» перед гласным могло озвончаться: Семка превращалось в Семга. В документах XVII–XVIII веков такие формы фиксировались у крестьян и посадских людей, особенно в Архангельской и Вологодской губерниях.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Семга, которое могли дать рыбаку или торговцу сёмгой. Но здесь возникает фонетическая неувязка: в старых записях рыбу называли «семга» или «сёмга», а фамилия пишется строго через «е». Скорее всего, это позднее осмысление народной этимологией, когда редкое имя переосмыслили под знакомое слово.

Таким образом, предки современного Семгина с высокой вероятностью носили имя Семён, а сама фамилия закрепилась в среде крестьянства или посадских людей Русского Севера. Окончание на -ин — не дворянский маркер, а стандартный патроним, указывающий на прямую родственную связь. Встречаемость фамилии невысокая, она редка даже по сравнению с однокоренными Семёновым или Сёминым.