Фамилия Семигонова — женская форма фамилии Семигонов, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Семигон. Это сложное слово, состоящее из двух частей: числительного «семь» и корня «гон-» (от глагола «гнать»). Скорее всего, так называли человека, который гнал семерых — то есть управлял упряжкой из семи лошадей, или же того, кто перегонял скот (семь голов). В крестьянском быту прозвища, указывающие на количество скота или лошадей, были распространены: Семигон означает «тот, у кого семь коней» или «гонящий семерых». Числительное «семь» в прозвищах часто использовалось не как точное число, а как указание на множество, полноту — «много гоняющий» или «гоняющий всё подряд».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «семигон» — так в некоторых говорах называли человека, который постоянно куда-то спешит, суетится, «гонит» себя и других. Тогда прозвище носило характер насмешки над непоседой. В ономастических словарях фамилия Семигонов не относится к числу частых, она встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Тамбовской областях, где были сильны традиции прозвищ, связанных с лошадьми и крестьянским трудом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Семиглазов, Семиколенных, Семибратов — модель «Семи- + основа» типична для русских прозвищ XVI–XVII веков. Такие фамилии обычно не принадлежали знати, а фиксировались у крестьян и посадских людей. Семигоновы могли быть конюхами, ямщиками или просто зажиточными хозяевами, державшими несколько лошадей.

В написании фамилии важно ударение: в большинстве случаев оно падает на последний слог — Семиго́нов, хотя в диалектах может смещаться. Женская форма Семигонова склоняется по общим правилам: нет Семигоновой, к Семигоновой.