Фамилия Семигонов образована от прозвища или мирского имени Семигон. В основе лежит числительное «семь» и слово «гон» — в старых говорах так называли перегон скота, участок пути или гоньбу. Семигоном в крестьянской среде могли прозвать человека, который держал упряжку из семи лошадей, либо того, кто семь раз подряд гнал скотину на пастбище или на ярмарку. Второй вариант — прозвище давали за неутомимость: «семь гонов» как мера выносливости.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Семигонов — сын или потомок Семигона. Это типичная русская патронимическая фамилия, которая закрепилась в XVI–XVII веках, когда прозвища переходили в наследственные именования.

География фамилии узкая. По данным переписей и метрических книг XIX века, Семигоновы встречаются в основном в южнорусских и центральных губерниях — Курской, Орловской, Тамбовской. В этих краях «гон» и «гонять» были обиходными словами из-за развитого коневодства и отгонного скотоводства. Встречаются и однокоренные фамилии: Семигон, Семигонкин, Гончаров, но Семигонов стоит особняком — числительное в основе делает её заметной и редкой.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от имени Семигон как народной формы христианского имени Семён (Симеон) с добавлением «гон» для благозвучия. Но она не подтверждается документально — в старых актах Семигоновы фигурируют именно как потомки людей с прозвищем, а не как крещёные Семёны.

Сословно фамилия не аристократическая. Семигоновы — почти поголовно крестьяне и однодворцы, то есть потомки служилых людей по прибору, которые несли сторожевую службу на южных рубежах. В списках однодворцев Курской губернии за 1782 год упоминаются Семигоновы из села Красное — это одно из ранних письменных свидетельств фамилии.