Фамилия Семинихина — женская форма фамилии Семенихин, и ключ к её происхождению лежит не в самом имени, а в суффиксе -их-. В русской ономастике фамилии на -их и -ых (Семенихин, Семенихина) — это особая группа, характерная для северных и северо-восточных регионов России. Если фамилии на -ов/-ев (Семёнов) означают «сын Семёна», то модель на -их указывала на принадлежность к целому роду или дому: «из семьи Семенихи». Первоначально это было прозвище главы дома — Семениха, то есть «жена Семёна», а позже так стали называть всех домочадцев. То есть Семенихины — это те, кто живёт в доме Семенихи.

Основа фамилии — имя Семён (каноническая форма Симеон, от древнееврейского «шема» — «услышанный Богом»). В народной речи имя звучало как Семён, а его производные формы — Семеня, Семеха, Семениха — дали начало множеству фамилий. Фамилия Семенихин — одна из самых распространённых в Архангельской, Вологодской и Кировской областях, где суффикс -их- был нормой. В XIX веке такие фамилии часто записывали без окончания -ин, а просто как Семених, но к концу века грамматика выровнялась.

Встречается и другая, менее вероятная версия: от прозвища Семениха, которое мог получить человек, занимавшийся посевом семян (от глагола «семенить» или «семена»). Однако в крестьянской среде такое прозвище было бы слишком книжным, а связь с личным именем Семён — естественной и прямой.

Фамилия Семенихина недворянская, типично крестьянская или мещанская. В сословных списках её носители — это государственные и удельные крестьяне севера России. В советское время фамилия не менялась, так как звучала привычно для русского уха, и её географическая привязка осталась прежней: до сих пор плотность носителей высока в Вологодчине и на Урале.