Фамилия Семион — редкий случай, когда написание расходится с привычным слуху вариантом. Чаще всего её путают с фамилией Семён (она же Семенов, Сёмин), но разница здесь не в суффиксе, а в основе. Семион — это старая, книжная форма имени, которая восходит к церковнославянскому произношению имени Симеон. В дореволюционных метрических книгах имя Семён часто записывали как «Симеонъ» или «Семионъ» — через «i» или «и». Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был записан в документы именно под этой полной, а не обиходной формой имени.

Суффикс в фамилии нулевой — она образована напрямую от имени без типичных русских окончаний -ов, -ев или -ин. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде, где была сильна традиция оставлять имя как родовое прозвище, или же возникла в украинской, белорусской или польской языковой среде. В этих языках фамилии на -ион, -ён встречаются чаще, чем в великорусских говорах. Если бы фамилия была чисто русской, мы бы с большей вероятностью увидели Семионов или Семионин.

Географически фамилия Семион встречается редко и не образует крупных гнёзд. Единичные носители есть на западе России, в Беларуси и на Украине. Это подтверждает версию о западнорусском или малороссийском происхождении, где церковная форма имени держалась дольше, чем в центральных губерниях, где её быстро вытеснил разговорный вариант Семён.

С точки зрения социального контекста, фамилия без патронимического суффикса могла принадлежать людям духовного сословия или мещанам. В среде священников было принято использовать полные канонические имена, а не их народные варианты. Поэтому вполне вероятно, что носитель фамилии Семион — потомок причетника или дьячка, чьё имя в документах записали по-церковнославянски, и это написание закрепилось за его детьми уже как фамильное.