Семионенко — фамилия, в которой отчетливо слышна украинская огласовка церковного имени. Её основа — Семион, народная форма крестильного имени Симеон (от древнееврейского «шема» — «услышанный Богом»). В русской традиции это имя чаще превращалось в Семён, а украинский язык сохранил мягкое «и»: Семен, Семененко. Но здесь мы видим именно Семион — вариант, характерный для центральных и восточных областей Украины, где имя произносили через «ио», ближе к церковнославянскому звучанию.

Суффикс -енко — один из главных маркеров украинской фамильной системы. В XVI–XVII веках он означал принадлежность по отцу: «Семионенко» буквально — «сын Семиона». Так называли младшего в семье, наследника. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились за боярскими и служилыми родами, фамилии на -енко долго оставались полуофициальными, бытовыми прозваниями казаков и крестьян. Они не указывали на сословие, а лишь фиксировали родство.

Географически фамилия Семионенко тяготеет к югу Украины: Запорожская, Днепропетровская, Херсонская области, а также к Кубани, куда в XIX веке переселялись черноморские казаки. Встречается она и в Беларуси, но реже — там преобладают формы Семенёнок и Семенович. Интересно, что в России фамилию часто путают с Семененко или Семёновым, хотя её носители — потомки именно украинских родов, а не великорусских.

Спорных версий происхождения у этой фамилии нет. Единственное, что может сбить с толку — редкое написание через «ио» вместо привычного «е». Но это не ошибка, а диалектная черта: в некоторых говорах имя Симеон произносили как Симён или Семиён, отсюда и Семионенко. Если ваш предок носил такую фамилию, скорее всего, он был из среды свободных казаков или мещан, а не крепостных крестьян — на Левобережной Украине фамилии на -енко закрепились раньше, чем в центральных губерниях Российской империи.