Фамилия Семоненко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «сын» или «потомок». Суффикс -енко массово закрепился в Поднепровье, Слобожанщине и на юге Украины в XVI–XVIII веках и стал визитной карточкой украинской антропонимии. В основе фамилии лежит имя Семон — это просторечная, народная форма канонического имени Симеон (от древнееврейского «шема» — «услышанный»). В русских говорах имя часто звучало как Семён, но в украинской среде бытовал вариант Семон: через «о» в корне и без «ё». Так что Семоненко — буквально «сын Семона», то есть потомок человека по имени Семон.

Интересно, что фамилия Семоненко не единственная в этом гнезде. Есть ещё Семененко, Семенюк, Семёнов — все они восходят к одному имени, но различаются по территории и суффиксам. Форма Семоненко встречается реже, чем Семененко, и это может говорить о локальном бытовании: вариант Семон вместо Семён характерен для западных и центральных областей Украины, а также для белорусского пограничья. Поэтому носители фамилии Семоненко, скорее всего, происходят из регионов, где ударение и произношение имени сместились в сторону «о» — например, из нынешних Черкасской, Киевской или Винницкой областей.

Словообразовательная модель проста: основа Семон + суффикс -енко. Никаких дополнительных приставок или усложнений нет. Это типичная «патронимическая» фамилия, которая закрепилась в крестьянской и казачьей среде. В реестрах Войска Запорожского XVII века можно найти немало фамилий на -енко, образованных от имён — и Семоненко могла появиться именно там. Позже, в XIX веке, такие фамилии стали наследственными и передавались уже без связи с реальным именем отца.

Если смотреть на сословное происхождение, то фамилия Семоненко почти наверняка принадлежала простым людям: крестьянам, казакам, мещанам. Дворянские роды с окончанием -енко в Восточной Украине встречаются, но редко, и обычно они имеют польское или шляхетское происхождение. Для Семоненко таких свидетельств нет — это фамилия из народной толщи, где имя Семон было обычным, а суффикс -енко — самым распространённым способом назвать «чей-то род».