Фамилия Семушеков — редкий пример образования от прозвища, связанного с диалектным словом «сему́шек» или «сему́шка». В говорах Русского Севера и Прикамья так называли ватрушку, сочень или лепёшку, часто с творожной начинкой. Исходное слово — уменьшительная форма от «семья» (в значении «еда, приготовленная для семьи» или «общий стол»). Таким образом, прозвище Сему́шек мог получить либо любитель таких лепёшек, либо пекарь, который их делал. Суффикс -ов- указывает на стандартную модель русской фамилии, означавшую «сын Семушека» или «из семьи Семушека».

Менее вероятна, но возможна связь с календарным именем Семён (в просторечии Сёма, Сему́ха). В этом случае Сему́шек — уменьшительная форма от Семуха, а Семушеков — «сын Семушека». Однако такая цепочка редка: обычно от Семёна образуют фамилии Семёнов, Сёмин, Семухин, а форма с -ек- встречается в единичных случаях.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю — регионам, где диалектное слово «семушек» фиксируется этнографическими словарями. В других областях России она почти не встречается. Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, занимавшимися выпечкой или просто получившими прозвище по бытовой привычке.

Фамилия не относится к аристократическим, не упоминается в родословных книгах дворянства. Её ценность — в сохранении забытого диалектного слова, которое уже почти не употребляется в живой речи.