Фамилия Семушко образована не напрямую от имени Семён, а от его уменьшительной формы Семушка. Это сразу даёт ключ к разгадке: перед нами не патроним (сын Семёна), а прозвищное имя, которое в быту закрепилось за человеком и затем перешло к его потомкам. В украинской и белорусской традиции суффикс -ушк- (-уськ-) часто использовался для ласкательных форм имён: Семушка — «маленький Семён», «Семёнушка».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям. Модель на -о (Семушко, а не Семушкин) типична для украинских фамилий, где окончание -о застыло в именительном падеже. Встречается она и в южных областях России, граничащих с Украиной. Если предок носителя фамилии жил, скажем, на Черниговщине или Полтавщине, то его могли записать в реестры как Семушка, а потом это прозвище закрепилось за всей семьёй.

Интересно, что в отличие от фамилий на -енко (Семенченко) или -ук (Семенчук), которые тоже идут от Семёна, Семушко сохраняет именно ласкательный оттенок. Это не сын Семёна и не человек из рода Семёна — это человек, которого в детстве или по-свойски называли Семушкой. Такие фамилии часто возникали в среде, где прозвища были живыми и неформальными: в казачьих общинах, среди ремесленников или крестьян, где официальная запись по отчеству была необязательной.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия Семушко не выделяется в отдельную статью, но её механизм образования хорошо описан в разделе об украинских фамилиях на -ко и -ушко. Редкость фамилии в том, что она почти не встречается в центральных и северных областях России — там предпочли бы форму Семушкин или Семёнов. Так что Семушко — это маркер юго-западного происхождения, возможно, с примесью польского или белорусского влияния, где суффикс -ушк- был особенно популярен.