Фамилия Семут — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные совпадения, в основе лежит, скорее всего, не славянский корень, а личное имя или прозвище, пришедшее из других языков. Наиболее вероятная версия связывает её с крестильным именем Симон (в просторечии Семён) через его уменьшительную или искажённую форму. В некоторых говорах имя Семён могли произносить как «Семут» — с утратой конечного «н» и заменой на «т» под влиянием диалектной фонетики. Тогда фамилия образована по стандартной восточнославянской модели без суффикса: прозвище Семут напрямую стало наследственным именем рода. Такое встречается в украинской и белорусской среде, где фамилии на -ут не редкость (например, Когут, Семенют).

Вторая гипотеза выводит фамилию из балтийских языков. В литовском есть слово «sėmutė» — «семечко», «зёрнышко», а также уменьшительные формы имён, оканчивающиеся на -utis. Если предок носил прозвище Сямутис или Семут, при переходе в русскую среду окончание отпало, и фамилия закрепилась в краткой форме. Эта версия объясняет географию: фамилия Семут встречается в западных регионах России и в Беларуси, где исторически сильны балтийские влияния.

Суффикса -ов/-ев в фамилии нет, что указывает на её относительно позднюю фиксацию — возможно, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам давали фамилии без дополнительного оформления, просто по прозвищу. Носители фамилии Семут могли быть выходцами из мелкопоместной шляхты или свободных крестьян западных губерний. Известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для редких родовых имён, не попавших в дворянские родословные книги.