Фамилия Серкунова — женская форма фамилии Серкунов, и её стоит разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Серкун. В русских говорах слово «серкун» (или «сиркун») имело несколько значений, и все они достаточно прозрачны для этимологии.

Самая вероятная версия — связь с глаголом «серкать» (или «сиркать»), что в диалектах означало «издавать свистящий или шипящий звук», «брызгать», «плеваться». Соответственно, Серкуном могли прозвать человека с характерной манерой речи — свистящего, шепелявого или того, кто часто сплёвывает. Второе значение того же корня — «серкать» в значении «быстро бегать», «шмыгать». Здесь прозвище могло указывать на юркого, вертлявого человека. Третья, менее распространённая версия, выводит Серкуна из «серка» — так в некоторых областях называли серу (древесную смолу или ушную). Тогда прозвище мог получить смолокур или человек с нечистыми ушами, но это кажется менее вероятным, чем характеристика поведения.

Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для имён, образованных от глаголов: говорун, молчун, бегун. Он подчёркивает активный признак, склонность к действию. Фамилии на -унов, -унин — одни из самых древних в русской ономастике, они фиксируются уже в XV–XVI веках. Добавление суффикса -ов/-ев дало стандартную патронимическую форму: «чей?» — Серкунов, то есть сын Серкуна.

Географически фамилия Серкунов (и Серкунова) встречается в основном на севере европейской части России и в Поволжье — в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это косвенно подтверждает диалектную природу основы: именно в северных и северо-восточных говорах слово «серкун» в значении «свистун» или «шмыга» было в ходу. Социально носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или посадскому сословию — в дворянской среде такие «прозвищные» фамилии встречаются редко.

Таким образом, если вы Серкунова, ваш предок, вероятно, получил своё прозвище за манеру говорить (с присвистом или шепеляво) либо за подвижность и непоседливость. Фамилия эта — редкий образец живой русской диалектной лексики, застывшей в родовом имени.