Основой фамилии Сестеров послужило мирское имя Сестера. Фамилия Сестеров восходит к прозвищу, образованному от искажённого слова Шестёра. Мирским именем Шестёра называли шестого ребёнка в семье. Однокоренные имена, например, такие как Шестак, Шесток, Шестерь, Шестой, Шестерик, Шестун, Шестуха, были очень распространены на Руси. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Сестеров происходит о слова «сестра». Возможно, такую фамилию получили потомки осиротевшего человека, воспитанного старшей сестрой или монахинями. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сестера, со временем получил фамилию Сестеров.