Фамилия Сетойкин — редкая, и её разбор требует осторожности: на слух она кажется то ли искажённой, то ли диалектной. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Сетойка. Корень «сет-» может восходить к диалектному глаголу «сетить» — ловить сетью, ставить сети. В таком случае Сетойкой называли рыбака или мастера, плевшего сети. Слово «сеть» и его производные в северных и волжских говорах дали немало фамилий (Сеткин, Сетов), но суффикс «-ойк-» здесь нестандартный: обычно в русских прозвищах используют «-к-» (Сетка), а «-ойка» — скорее экспрессивная, уменьшительная форма, характерная для северо-западных и новгородских говоров (сравните: Ванька — Ванёк, но Сетойка). Возможно, прозвище дали человеку с какой-то особенностью, связанной с сетью: например, «Сетойка» — тот, кто ходит в сетчатой одежде или постоянно путается в сетях.

Суффикс «-ин» в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Сетойкин, то есть сын или потомок Сетойки. Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Поскольку фамилия редкая, её география узкая: в современных базах данных Сетойкины встречаются преимущественно в Нижегородской области и в Чувашии, что косвенно подтверждает версию о волжском рыболовном промысле. В дореволюционных переписях эта фамилия почти не фиксируется — возможно, она возникла поздно, в XIX веке, как вариант более распространённой Сеткиной или как результат местного произношения.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от мордовского или марийского имени Сетой (сравните с эрзянским «сеть» — «звезда»), но для неё нет прямых лингвистических подтверждений — скорее всего, это народная этимология. Фамилия Сетойкин не относится к дворянским или купеческим, и в истории она не оставила заметных следов: это фамилия крестьянского или мещанского сословия, и её носители, по всей видимости, занимались ремёслами, связанными с водой и рыбной ловлей.