Фамилия Сейтмуратов — одна из тех, что сразу указывает на тюркские корни и мусульманскую традицию имянаречения. Её основа составная: первая часть «Сейт» — это вариант имени Сейит, которое восходит к арабскому «саййид» (господин, повелитель). В исламском мире так называли потомков пророка Мухаммеда через его внуков Хасана и Хусейна. Вторая часть «мурат» — тоже арабское имя, означающее «желанный», «цель», «намерение». Таким образом, Сейтмурат — это двусоставное личное имя, популярное у многих тюркоязычных народов: казахов, каракалпаков, ногайцев, туркмен, башкир.

Суффикс «-ов» в русской огласовке фамилии — классический патронимический формант, который в XIX–XX веках добавили к тюркским именам при оформлении фамилий в Российской империи и СССР. Он указывает на принадлежность роду: «Сейтмуратов» буквально значит «сын Сейтмурата». Многие казахские и каракалпакские фамилии проходили через такую русификацию, поэтому носители Сейтмуратовых чаще всего встречаются в Казахстане, Каракалпакстане (Узбекистан) и прилегающих регионах.

Интересно, что в тюркской среде имя Сейтмурат могло даваться не только по прямой линии потомков пророка, но и как знак уважения к религиозному авторитету или как пожелание — чтобы ребёнок стал «желанным господином», то есть человеком, к которому прислушиваются. Варианты написания фамилии встречаются с «и» (Сейитмуратов) или с «е» на конце основы (Сейтмуратов), но в русском паспортном стандарте закрепился именно второй вариант.

Среди однокоренных фамилий — Сейтмуратова, а также более редкие Сейтмурад, Сейтмурадян (армянизированная форма) и Сейтмуратович (как отчество в сербской традиции). География фамилии почти полностью привязана к Центральной Азии, и встретить её за пределами этого региона можно только у потомков мигрантов советского времени.