Фамилия Сгонова — женская форма фамилии Сгонов. Она образована от прозвища или нецерковного имени Сгон, а в основе лежит глагол «сгонять» (от «гнать»). В русских говорах слово «сгон» имело несколько значений: так могли называть человека, который сгонял скот на пастбище, либо того, кто занимался сгоном (перегоном) людей или грузов. В крестьянском быту «сгонщиком» нередко именовали пастуха или погонщика лошадей на барской работе.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе на твёрдый согласный прибавляется суффикс -ов, затем родовое окончание. В мужском роде — Сгонов, в женском — Сгонова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Сгона» или «из семьи Сгона». Фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где было развито отгонное скотоводство, а также в казачьих областях — на Дону и Кубани.

Менее вероятна, но возможна связь с топонимом: в некоторых областях есть урочища и овраги с названием Сгон (например, в бывшей Воронежской губернии). В таком случае фамилия могла закрепиться за выходцем из этого места. Однако для большинства носителей первичным остаётся прозвище по занятию или образу действий.

Ударение в фамилии плавающее: в разговорной речи чаще слышится Сго́нова, но в официальных документах встречается и Сгонова́. Оба варианта допустимы, первый ближе к исходной основе «сгон».