Фамилия Шабарко — яркий пример восточнославянской модели, где суффикс -ко указывает на происхождение с территории современной Украины или Беларуси. Такие фамилии в XVI–XVII веках активно формировались в среде казачества, мещан и крестьянства. Суффикс -ко может выполнять две роли: уменьшительно-ласкательную (как в именах) или указывать на принадлежность к роду («сын такого-то»). В случае с Шабарко, скорее всего, перед нами прозвище, закрепившееся за основателем рода.

Корень «шабар-» — оборотная сторона древнего и очень живого пласта русских говоров. В диалектах слово «шабара» или «шабар» означало нечто шершавое, неровное, а также могло относиться к человеку с неопрятной, всклокоченной внешностью. Вспомните слово «шабуршить» — производить шум, возиться. Прозвище Шабар могли дать человеку суетливому, неспокойному или, наоборот, небрежному в одежде. Есть и другая, более конкретная версия: в некоторых областях «шабаром» называли мелкую торговую рыбу или старую, истрёпанную вещь — отсюда могло пойти прозвище бедного или нерасторопного человека.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с тюркскими языками, где «шабар» — это гонец, вестник. Однако для фамилий на -ко, массово возникших в среде оседлого славянского населения, диалектная славянская основа выглядит убедительнее. Сравните с однокоренными фамилиями Шабаров, Шабарин, Шабаршин — все они отталкиваются от одного прозвищного корня, но различаются по географии: Шабаровы чаще встречаются на севере России, а Шабарко — на юго-западе.

Таким образом, человек с фамилией Шабарко, скорее всего, ведёт свой род от предка, которого в окрестностях Чернигова, Полтавы или Гомеля прозвали за характер или внешность Шабаром. Фамилия недворянская, народная, и её носители в большинстве своём были ремесленниками, казаками или крестьянами, а не боярами или духовенством.