Фамилия Шабаткина — женская форма фамилии Шабаткин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шабаткин — это «сын Шабатки» или «человек из рода Шабатки».

Сама основа «Шабатк(а)» — это, скорее всего, производная форма от имени Шабат. В русской ономастике имя Шабат (или Шабатко) имеет два основных источника. Первый и наиболее вероятный — это сокращение от крестильного имени Савватий (в народной речи Савватий часто превращался в Савват, а затем в Шабат через замену «с» на «ш» и утрату слогов). Второй вариант — связь с еврейским именем Шабат (от слова «шаббат» — суббота), которое могло бытовать в среде еврейского населения черты оседлости. Однако для фамилии Шабаткин, распространённой в центральных и северных областях России (Архангельская, Вологодская, Костромская губернии), первая версия — через Савватия — выглядит убедительнее: такие фонетические переходы (Савватий → Шабат) хорошо известны в северных говорах.

Суффикс -к(а) в основе (Шабат-к-а) — уменьшительно-ласкательный или уничижительный, как в именах Васька, Петька. То есть Шабатка — это не полное имя, а обиходная форма, которой в быту называли человека по имени Шабат (Савватий). Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVII века: в переписных книгах встречаются крестьяне Шабаткины из Тотемского уезда. Так что предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, а сама фамилия образовалась от домашнего прозвища, данного по крестильному имени.