Фамилия Шабиков — редкий случай, когда тюркская основа не вызывает сомнений, а вот точное значение исходного слова остаётся предметом спора. В её основе лежит личное имя или прозвище Шабик, которое, скорее всего, восходит к арабскому имени Шабиб — «юноша», «молодой», «цветущий». В тюркской среде, особенно у башкир и татар, это имя могло видоизмениться в Шабик, а затем к нему присоединили русский патронимический суффикс -ов, типичный для фамилий, оформленных после вхождения народов Поволжья и Приуралья в состав Российского государства.

Существует и другая версия, менее распространённая, но лингвистически допустимая: от слова «шабик» в значении «ночной» (от персидского «шаб» — ночь). В таком случае прозвище мог получить человек, работавший ночным сторожем, пастух, выгонявший скот в ночное, или просто тот, кто любил бодрствовать в тёмное время суток. Однако связь с именем Шабиб выглядит убедительнее, поскольку модель «имя + -ов» — основной способ образования фамилий у волго-уральских татар и башкир.

Географически фамилия Шабиков привязана к Башкортостану и соседним регионам — Челябинской, Оренбургской областям, Татарстану. Встречается она нечасто, и это указывает на то, что родоначальник был конкретным человеком, а фамилия не размножилась за счёт множества одноимённых сёл. Сословно предки Шабиковых, вероятнее всего, были государственными или ясачными крестьянами, а также тептярами — особым сословием нерусского населения, платившим подати, но не приписанным к дворянству.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Шабик добавили суффикс -ов, который в русской ономастике закрепился за фамилиями недворянского происхождения, особенно среди народов, принявших русскую фамильную систему в XVIII–XIX веках. Если бы фамилия возникла раньше и в боярской среде, она могла бы звучать как Шабиков-ский или иметь другой суффикс, но этого не произошло. Так что Шабиков — типичный пример поздней патронимической фамилии, где за тюркским именем стоит русская грамматика, а за ней — история переселений и ассимиляции.